The Landscape of Viral Expression and Host Gene Fusion and Adaptation in Human Cancer
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Library statistics

Sequence libraries:238
Unique samples:237
Unique tumors:220
Unique normals:17
Unique patients:221
Reads per sample (mean):180 million
Total reads screened:42944 million
Total viral alignments:25623

Viral hits in ppm (parts-per-million) of total library reads

Tumor sample(hover for info)
Normal sample

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Human papillomavirus type 16 111

Non-normalized read counts

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Abelson murine leukemia virus 7
Aotine herpesvirus 1 1
Autographa californica nucleopolyhedrovirus 2 2 4 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 4
Avian leukemia virus 1 1 2
Avian leukosis virus - RSA 1 1 2
Bell pepper endornavirus 4
Bombyx mandarina nucleopolyhedrovirus 1 1 4 2 1 1 1 1 2 2 2 2 2 1 1 1 1 4
Bombyx mori NPV 1 2 4 2 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 4
Bovine viral diarrhea virus 1 1 1 1 1 1 1 1
Brome mosaic virus RNA 1 1 2 2
Brome mosaic virus RNA 2 1 1 2 2
Brome mosaic virus RNA 3 2 1
Friend murine leukemia virus 2 1 1 1 2 2 1
Hepatitis B virus 3 2 2 1
Human herpesvirus 4 27 2 1 1 6 2 4 7 2 6 1 3 3 3 8 2 6 4 6 1 1 2 1 2 2 2 2 55 8 17 2 2
Human herpesvirus 4 type 1 27 2 1 1 6 2 4 7 2 6 1 3 3 3 8 2 6 4 6 1 1 2 1 2 2 2 2 55 8 17 2 2
Human herpesvirus 5 2 12 6 2 164
Human herpesvirus 6A 14 1 3
Human herpesvirus 6B 10 1 26 2 12
Human herpesvirus 7 5
Human immunodeficiency virus 1 1
Human papillomavirus type 16 23864 2 2 2
Human papillomavirus type 18 1 5 3 8 9 9 3 12 2 2 4 4 9 1 2 8 4 12 2 4 2 2 2 10 8 7 12 14 3 5 4 3 3 2 4 2 2 2 2 3 3 10 4 2 2 6 14 4 4
Human papillomavirus type 45 1 1 1 1
Macacine herpesvirus 4 1 1 2 1 1 1 2 4 1
Maruca vitrata MNPV 1 1 1
Merkel cell polyomavirus 3
Moloney murine leukemia virus 6 2 2 3 2 1 1 2 2
Moloney murine sarcoma virus 4 1 1 2 1 2
Murid herpesvirus 2 1
Murine hepatitis virus strain A59 2
Murine osteosarcoma virus 1 1 1 1 1 1 1 1
Murine type C retrovirus 2 2 4 4 2 9 1 2 6 2 6 2 2 2 3 1 2 2 3 2 2 2 1 2 2 2 2 2
Panine herpesvirus 2 1
Pestivirus Giraffe-1 1 1 1 1 1 1 1
Plutella xylostella multiple nucleopolyhedrovirus 2 2 4 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 4
Porcine endogenous retrovirus E 4
PreXMRV-1 provirus 1 1 2 3 2 8 1 5 2 4 1 1 1 2 1 1 1 1 2 1 1 1
Rachiplusia ou MNPV 2 1 4 2 1 1 2 2 1 2 1 2 1 2 2 1 2 1 1 1 1 3
Rauscher murine leukemia virus 2 1 1 1 2 2
Rous sarcoma virus 1 1 1
Shamonda virus segment S 1 1 5 1 1 2 11 1 1 1 4 1 1 5 2 1 3 57 1 5 3 1 1 2 4 1 2 1 1 2 1 5 6 5 1 12 3 1 1 1 3 3 1 1 2 4 1 3 1 3 4 1 2 1 2 2 2 5 4 3 1 11 10 2 1 4 4 2 2 3 5 7 1 1 1 6 2 2 1 1 1 1 2 1 1 3 1 1 2 4 2 2 1 4 2 2 2 3 1 1 3 2 2 2 1 1 1 1 3 2 1 1 2 2 3 1 3 2 1 1 2 3 1 1 1 1 1 2 1 1 1 3 1 1 1 1 1
Simian virus 40 1
Spleen focus-forming virus 3 1 2 4 1 1 1 2 1 1 1 1
Spodoptera litura granulovirus 2
Squash mosaic virus RNA 2 2
Tomato mosaic virus 2
Woolly monkey sarcoma virus 1 1
Y73 sarcoma virus 1



Inquiries can be addressed to erik.larsson@gu.se