The Landscape of Viral Expression and Host Gene Fusion and Adaptation in Human Cancer
Online Supplementary Resource
About | Results | Larsson lab

Library statistics

Sequence libraries:413
Unique samples:412
Unique tumors:355
Unique normals:57
Unique patients:355
Reads per sample (mean):146 million
Total reads screened:60417 million
Total viral alignments:2494

Viral hits in ppm (parts-per-million) of total library reads

Tumor sample(hover for info)
Normal sample

01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 02 02 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11
Human herpesvirus 5 2

Non-normalized read counts

01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 01 02 02 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11
Abelson murine leukemia virus 3 1 1 2 2 1
Adeno-associated virus - 2 1 2
Alfalfa mosaic virus RNA 1 2
Aphid lethal paralysis virus 4
Autographa californica nucleopolyhedrovirus 1 1 1 2 2 1 2 1 2 1 1 1 3 3 3 2 2 1 1 1 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 2 1 1 2 2 2 1 1 1 3 2 1 4 2 1 1 3 1 1 2 1 4 1 1 1 1 4 1 1 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 2
Bombyx mandarina nucleopolyhedrovirus 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1
Bombyx mori NPV 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1
Bovine viral diarrhea virus 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Brome mosaic virus RNA 1 1 1
Brome mosaic virus RNA 2 1 1
Brome mosaic virus RNA 3 1 2
Cafeteria roenbergensis virus BV-PW1 1
Chimpanzee adenovirus Y25 1
Cowpea chlorotic mottle virus RNA 3 8
Cucumber mosaic virus RNA 3 1
Deformed wing virus 2
Friend murine leukemia virus 1 1
Heliothis virescens ascovirus 3e 1
Human T-lymphotropic virus 1 7
Human adenovirus 54 1
Human adenovirus B1 1
Human adenovirus B2 1
Human adenovirus D 1
Human adenovirus E 1
Human coronavirus HKU1 1
Human herpesvirus 1 19
Human herpesvirus 4 2 6 6 2 13 3 4 2 1 6 6 4 1 2 24 8 6 1 2 2 2 176 2 2 2 2 2 2 18 4 4 1 8 2
Human herpesvirus 4 type 1 2 6 4 2 15 3 4 2 1 6 6 4 1 2 24 8 6 2 2 2 2 179 2 2 2 2 2 2 18 4 4 1 8 2
Human herpesvirus 5 2 94 160 2 51
Human herpesvirus 6A 1 112 3 16
Human herpesvirus 6B 5 204 2 2
Human herpesvirus 8 6
Human immunodeficiency virus 1 1
Human papillomavirus - 2 2
Human papillomavirus - 5 2
Human papillomavirus type 134 2
Human papillomavirus type 16 9 8 2 4 11
Human papillomavirus type 18 1
Human papillomavirus type 49 2 2
Kashmir bee virus 2
Macacine herpesvirus 4 1 1 7
Maruca vitrata MNPV 1 1 1 1
Merkel cell polyomavirus 2 2 1
Moloney murine leukemia virus 1 4 1 1
Moloney murine sarcoma virus 1 4 1
Murine osteosarcoma virus 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 2 3 2 1 1 2 3
Murine type C retrovirus 1 1
Natrialba phage PhiCh1 1
Panine herpesvirus 2 2 2
Pepper mild mottle virus 2
Pestivirus Giraffe-1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Plutella xylostella multiple nucleopolyhedrovirus 1 1 1 2 2 1 2 1 1 1 1 1 3 3 3 2 2 1 1 1 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 2 1 1 2 2 2 1 1 1 3 2 1 4 2 1 1 3 1 1 2 1 4 1 1 1 1 3 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 2
Potato virus S 1
Prune dwarf virus 1 2
Rachiplusia ou MNPV 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 1 4 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1
Rauscher murine leukemia virus 1
Shamonda virus segment S 2 5 1 1 2 3 1 1 1 2 1 4 1 1 1 2 1 1 2 2 1 1 1 3 2 4 1 3 3 3 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 3 2 6 3 1 2 3 2 2 1 1 1 3 1 2 1 1 6 2 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 2 2 1 1 5 5 2 4 1 4 1 5 7 1 1 1 1 5 3 1 3 1 2 2 5 3 10 3 5 4 3 2 2 1 1 1 1 1 7 1 1 1 1 9 1 2 1 1 4 2 8 1 1 4 4 3 8 1 2 1 12 6 3 5 2 15 2 4 3 1 2 1 2 1 2 1 1 1 2 1 2 1 2 4 3 2 2 7 4 4 2 1 1 2 1 3 4 2 6 7 7 2 1 3 5 2 2 3 3 6 2 3 1 1 2 1 2 4 2 4 1 1 3 1 1 7 15 7 5 3 1 2 2 1 6 2 1 1 1 1 2 4 1 1 1 1 3 5 1 1 1 3 1 1 2 2
Simian T-lymphotropic virus 1 10
Simian adenovirus 49 1
Simian virus 40 1
Spleen focus-forming virus 2
Spodoptera litura granulovirus 2
Tobacco mild green mosaic virus 1 1
Tobacco ringspot virus RNA 2 1 1
Tobacco ringspot virus satellite RNA 1
Tobacco vein clearing virus 2
Tomato mosaic virus 2
Watermelon mosaic virus 1
White clover mosaic virus 1
Woolly monkey sarcoma virus 1 1 1
Y73 sarcoma virus 1



Inquiries can be addressed to erik.larsson@gu.se