The Landscape of Viral Expression and Host Gene Fusion and Adaptation in Human Cancer
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Library statistics

Sequence libraries:413
Unique samples:412
Unique tumors:355
Unique normals:57
Unique patients:355
Reads per sample (mean):146 million
Total reads screened:60417 million
Total viral alignments:2494

Viral hits in ppm (parts-per-million) of total library reads

Tumor sample(hover for info)
Normal sample

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Human herpesvirus 5 2

Non-normalized read counts

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Abelson murine leukemia virus 3 1 1 2 2 1
Adeno-associated virus - 2 1 2
Alfalfa mosaic virus RNA 1 2
Aphid lethal paralysis virus 4
Autographa californica nucleopolyhedrovirus 1 1 1 2 2 1 2 1 2 1 1 1 3 3 3 2 2 1 1 1 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 2 1 1 2 2 2 1 1 1 3 2 1 4 2 1 1 3 1 1 2 1 4 1 1 1 1 4 1 1 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 2
Bombyx mandarina nucleopolyhedrovirus 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1
Bombyx mori NPV 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1
Bovine viral diarrhea virus 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Brome mosaic virus RNA 1 1 1
Brome mosaic virus RNA 2 1 1
Brome mosaic virus RNA 3 1 2
Cafeteria roenbergensis virus BV-PW1 1
Chimpanzee adenovirus Y25 1
Cowpea chlorotic mottle virus RNA 3 8
Cucumber mosaic virus RNA 3 1
Deformed wing virus 2
Friend murine leukemia virus 1 1
Heliothis virescens ascovirus 3e 1
Human T-lymphotropic virus 1 7
Human adenovirus 54 1
Human adenovirus B1 1
Human adenovirus B2 1
Human adenovirus D 1
Human adenovirus E 1
Human coronavirus HKU1 1
Human herpesvirus 1 19
Human herpesvirus 4 2 6 6 2 13 3 4 2 1 6 6 4 1 2 24 8 6 1 2 2 2 176 2 2 2 2 2 2 18 4 4 1 8 2
Human herpesvirus 4 type 1 2 6 4 2 15 3 4 2 1 6 6 4 1 2 24 8 6 2 2 2 2 179 2 2 2 2 2 2 18 4 4 1 8 2
Human herpesvirus 5 2 94 160 2 51
Human herpesvirus 6A 1 112 3 16
Human herpesvirus 6B 5 204 2 2
Human herpesvirus 8 6
Human immunodeficiency virus 1 1
Human papillomavirus - 2 2
Human papillomavirus - 5 2
Human papillomavirus type 134 2
Human papillomavirus type 16 9 8 2 4 11
Human papillomavirus type 18 1
Human papillomavirus type 49 2 2
Kashmir bee virus 2
Macacine herpesvirus 4 1 1 7
Maruca vitrata MNPV 1 1 1 1
Merkel cell polyomavirus 2 2 1
Moloney murine leukemia virus 1 4 1 1
Moloney murine sarcoma virus 1 4 1
Murine osteosarcoma virus 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 2 3 2 1 1 2 3
Murine type C retrovirus 1 1
Natrialba phage PhiCh1 1
Panine herpesvirus 2 2 2
Pepper mild mottle virus 2
Pestivirus Giraffe-1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Plutella xylostella multiple nucleopolyhedrovirus 1 1 1 2 2 1 2 1 1 1 1 1 3 3 3 2 2 1 1 1 2 1 1 2 2 1 1 1 1 1 2 1 1 2 2 2 1 1 1 3 2 1 4 2 1 1 3 1 1 2 1 4 1 1 1 1 3 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 2
Potato virus S 1
Prune dwarf virus 1 2
Rachiplusia ou MNPV 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 1 4 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1
Rauscher murine leukemia virus 1
Shamonda virus segment S 2 5 1 1 2 3 1 1 1 2 1 4 1 1 1 2 1 1 2 2 1 1 1 3 2 4 1 3 3 3 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 3 2 6 3 1 2 3 2 2 1 1 1 3 1 2 1 1 6 2 1 1 1 1 3 1 1 1 1 1 3 1 1 1 1 2 2 1 1 5 5 2 4 1 4 1 5 7 1 1 1 1 5 3 1 3 1 2 2 5 3 10 3 5 4 3 2 2 1 1 1 1 1 7 1 1 1 1 9 1 2 1 1 4 2 8 1 1 4 4 3 8 1 2 1 12 6 3 5 2 15 2 4 3 1 2 1 2 1 2 1 1 1 2 1 2 1 2 4 3 2 2 7 4 4 2 1 1 2 1 3 4 2 6 7 7 2 1 3 5 2 2 3 3 6 2 3 1 1 2 1 2 4 2 4 1 1 3 1 1 7 15 7 5 3 1 2 2 1 6 2 1 1 1 1 2 4 1 1 1 1 3 5 1 1 1 3 1 1 2 2
Simian T-lymphotropic virus 1 10
Simian adenovirus 49 1
Simian virus 40 1
Spleen focus-forming virus 2
Spodoptera litura granulovirus 2
Tobacco mild green mosaic virus 1 1
Tobacco ringspot virus RNA 2 1 1
Tobacco ringspot virus satellite RNA 1
Tobacco vein clearing virus 2
Tomato mosaic virus 2
Watermelon mosaic virus 1
White clover mosaic virus 1
Woolly monkey sarcoma virus 1 1 1
Y73 sarcoma virus 1



Inquiries can be addressed to erik.larsson@gu.se