The Landscape of Viral Expression and Host Gene Fusion and Adaptation in Human Cancer
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Sequence libraries:519
Unique samples:519
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Unique patients:462
Reads per sample (mean):177 million
Total reads screened:91803 million
Total viral alignments:9461

Viral hits in ppm (parts-per-million) of total library reads

Tumor sample(hover for info)
Normal sample

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Hepatitis B virus 29
Human papillomavirus type 18 2 13
Murine type C retrovirus 4
PreXMRV-1 provirus 2

Non-normalized read counts

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Abelson murine leukemia virus 5 1 1
Adeno-associated virus - 1 1
Adeno-associated virus - 2 1
Adeno-associated virus - 7 1
Adeno-associated virus - 8 1
Alfalfa mosaic virus RNA 1 2 1
Alfalfa mosaic virus RNA 2 1 2
Alfalfa mosaic virus RNA 3 4 2
Aphid lethal paralysis virus 1 1
Apple stem grooving virus 1 1
Apple stem pitting virus 1
Aquareovirus A segment 4 1
Assembled genome 2: Mosaic-like virus 2 1 2 2 6 2
Autographa californica nucleopolyhedrovirus 2 2 2 2 2 4 2 2 2 2 2 1 2 4 1 4 2 4 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2
Bombyx mandarina nucleopolyhedrovirus 1 1 1 2 2 4 1 2 1 1 2 1 1 2 2 1 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 1 2 2 1
Bombyx mori NPV 1 1 1 2 2 4 1 2 1 1 2 1 1 2 2 1 2 2 1 2 2 2 2 2 2 1 2 1 2 2 2
Bovine viral diarrhea virus 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Brome mosaic virus RNA 1 1 10 5 4 2 1 3 2 14 1 4 1 2 2 3 2 10 4 4 5 2 1 3 2
Brome mosaic virus RNA 2 2 1 2 11 4 1 4 4 3 1 5 1 2 2 1 2 5 1 2 3 1 1 3 3 5 14 2 2 1 2
Brome mosaic virus RNA 3 2 15 2 1 6 2 2 1 3 4 5 2 2 1 1 2 2 3 7 2 1
Chimpanzee adenovirus Y25 1
Clover yellow mosaic virus 1 2
Cucumber green mottle mosaic virus 2 2 6 2
Cucumber mosaic virus RNA 3 1
Cucurbit yellow stunting disorder virus RNA2 2 2
Deformed wing virus 2
Encephalomyocarditis virus 3
Enzootic nasal tumour virus of goats 1
Friend murine leukemia virus 1 1 5 1 2 1 1 2 1 1 1 2 3 1 1 1 1 1 1 17 1 1 2 2 2
Garlic virus A 2
Hepatitis B virus 1 13 13 2 4187 7 2 2 2
Human adenovirus 54 1
Human adenovirus B1 1
Human adenovirus B2 1
Human adenovirus D 1
Human adenovirus E 1
Human erythrovirus V9 1
Human herpesvirus 1 2 2
Human herpesvirus 4 4 2
Human herpesvirus 4 type 1 4 2
Human herpesvirus 5 4 4 2 2 2 2 2 4 4 4 2 2 2 1 2 2 3 2 2 1 1 2 6 2 2 2
Human herpesvirus 6A 32 3 2
Human herpesvirus 6B 5 60
Human herpesvirus 7 4
Human herpesvirus 8 1
Human immunodeficiency virus 1 1 12 1
Human papillomavirus type 10 30
Human papillomavirus type 16 8 2 2 2
Human papillomavirus type 18 2 392 1 2 4 10 4 2 1737
Human papillomavirus type 33 3
Human papillomavirus type 4 1
Human papillomavirus type 45 8 45
Human papillomavirus type 59 1
Human parvovirus B19 2 6
JC polyomavirus 4
Kakugo virus 1
Lettuce big-vein associated virus RNA 1 1
Mamestra configurata NPV-A 1
Maruca vitrata MNPV 1 1 1 1 1 1
Megavirus chiliensis 2
Merkel cell polyomavirus 2 2
Moloney murine leukemia virus 2 1 2 6 1 2 9 2 1 1 2 1 1 4 1 4 2 1 1 1 1 3 1 2 1 1 1 1 1 4 23 1 1 1 2 2 1
Moloney murine sarcoma virus 1 2 1 1 9 2 1 2 4 2 1 3 1 1 1 3 5 1 2
Murine hepatitis virus strain A59 2
Murine hepatitis virus strain JHM 2
Murine osteosarcoma virus 1 4 3 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 3 3 1 1 28 2 7 2
Murine type C retrovirus 4 1 2 1 2 88 1 2 5 1 2 1 4 2 1 1 2 3 2 1 1 1 2 9 4 4 2 1 1 3 4 1 509 2 11 2 18 26 1 2 1
Ovine enzootic nasal tumour virus 1
Papaya ringspot virus 2
Penaeus vannamei nodavirus RNA-2 1
Pepper mild mottle virus 1 1
Pestivirus Giraffe-1 1 1 1 1 1 1
Plutella xylostella multiple nucleopolyhedrovirus 2 2 1 2 2 4 2 2 2 2 2 2 2 4 1 4 4 2 2 2 2 2 2 1 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 4 2 2 2 1 2 2 2 1 2 2
Poinsettia mosaic virus 2
Porcine endogenous retrovirus E 1 1
Potato leafroll virus 1 1
PreXMRV-1 provirus 2 2 52 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 6 4 2 1 2 1 2 2 1 300 2 3 1 7 15 2
RD114 retrovirus 1 2 2
Rachiplusia ou MNPV 1 1 1 2 4 2 2 2 1 2 2 1 2 2 1 2 2 2 2 1 1 1 1 2 1 2 2 2 2 1 2 1 1 1 2
Rauscher murine leukemia virus 1 2 4 2 2 1 1 1 2 1 4 1 1 1 1 2 1 1 1 1 2 1 10 1 2 1 2 2 2
Rehmannia mosaic virus 3
Rous sarcoma virus 1
Saccharomyces 20S RNA narnavirus 1
Shamonda virus segment S 1 1 1 4 2 3 1 2 2 1 1 1 1 2 6 1 8 2 1 2 1 3 1 3 8 7 1 1 3 1 1 2 1 2 1 3 1 1 2 1 4 1 2 2 1 2 1 4 1 1 6 1 3 1 1 1 1 1 2 1 2 1 4 1 1 2 1 1 2 1 2 1 3 1 1 1 3 1 1 1 2 1 2 2 3 1 1 1 2 1 1 3 1 2 1 1 1 1 2 2 1 1 3 2 2 3 1 2 1 2 1 1 1 1 2 1 1 2 1 2 2 1 1 1 1 2 3 1 2 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1 2 1 1 2 1 1 2 1 1 1 9 1 2 1 2 3 2 2 1 5 1 2 1 1 3 3 2 2 1 4 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 4 2 6 2 1 1 1 1 1 1
Simian virus 40 2
Spleen focus-forming virus 20 2 3 2 1 1 1 1 3 1 2 4 1 2 82 6 1 7 1 2 1
Spodoptera frugiperda ascovirus 1a 1
Spodoptera litura granulovirus 2 2 2 2 2 4 4 4
Tobacco etch virus 2
Tobacco mild green mosaic virus 2
Tobacco vein clearing virus 1 1 1 1
Tomato mosaic virus 2
Torque teno virus 16 6
Turnip vein-clearing virus 2
Watermelon mosaic virus 2
White clover mosaic virus 1 4 1 2
Woodchuck hepatitis virus 3
Woolly monkey sarcoma virus 1 1 1 1 1 1
Y73 sarcoma virus 1 1 1 1 1 1
Zucchini yellow mosaic virus 1



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