The Landscape of Viral Expression and Host Gene Fusion and Adaptation in Human Cancer
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Sequence libraries:345
Unique samples:341
Unique tumors:304
Unique normals:37
Unique patients:304
Reads per sample (mean):173 million
Total reads screened:59715 million
Total viral alignments:1540524

Viral hits in ppm (parts-per-million) of total library reads

Tumor sample(hover for info)
Normal sample

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Clover yellow mosaic virus 1
Human herpesvirus 1 338
Human herpesvirus 2 19
Human herpesvirus 4 13
Human herpesvirus 4 type 1 13
Human herpesvirus 5 1 1
Human herpesvirus 8 1
Human papillomavirus type 16 189 272 134 163 267 64 503 243 113 53 256 150 220 222 132 126 53 124 92 86 90 243 83 382 246 39 185 25 238 138 22 172 144 213 326 113
Human papillomavirus type 33 848 364 811 97 252 161
Human papillomavirus type 52 1 2 5
Human papillomavirus type 53 14
Human papillomavirus type 56 160
Human papillomavirus type 58 5 5 19 2 3 4
Macacine herpesvirus 1 2
Papiine herpesvirus 2 2

Non-normalized read counts

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Abelson murine leukemia virus 1 1 8
Assembled genome 2: Mosaic-like virus 2
Autographa californica nucleopolyhedrovirus 2 2 2 2 4 1 3 4 1 1 1 3 1 3 1 1 2 1 1 1 1 2 3 1 1 1 1 1 1 1 2 1 3 4 2 2 4 1 5 1 2 2 1 1 1 2 3 2 3 2 1 1 1 1 4 1 1 3 2
Bathycoccus sp. RCC1105 virus BpV1 1
Bean common mosaic virus 1
Bombyx mandarina nucleopolyhedrovirus 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 2 1 3 1 1 1 2 1 1 1
Bombyx mori NPV 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 1 2 1 1 1
Bovine herpesvirus 1 5
Bovine herpesvirus 5 7
Bovine viral diarrhea virus 1 2 1 1 1 1 16 17
Brome mosaic virus RNA 1 2 13 2
Brome mosaic virus RNA 2 2 7 4 1 1
Brome mosaic virus RNA 3 22 2 2
Cercopithecine herpesvirus 2 176 1
Clover yellow mosaic virus 283
Friend murine leukemia virus 1 2 1 1 2
Garlic latent virus 1
Hepatitis B virus 7 2 2 2 1
Human erythrovirus V9 1
Human herpesvirus 1 61718 5 1 6 2 2 3 5 4 29 1
Human herpesvirus 2 3443 1
Human herpesvirus 4 2 2 2 2421 7 6 2 4 14 7 4 5 11 5 11 12 3 17 4 4 4 2 4 4 27 8 5 27 5 10 2 2 2 27 2 2 2 12 5 12 68 3 2 2 6 2
Human herpesvirus 4 type 1 2 2 2 2425 7 6 2 2 14 7 4 5 11 5 11 12 3 17 4 6 4 2 4 4 28 8 5 27 4 10 2 2 2 27 2 2 2 12 5 12 68 3 2 1 6 2
Human herpesvirus 5 15 13 152 28 2 13 24 11 95 222 10 2 303 4
Human herpesvirus 6A 1 2 5 48
Human herpesvirus 6B 2 3 2 18 108
Human herpesvirus 7 44
Human herpesvirus 8 4 186
Human immunodeficiency virus 1 1 1
Human papillomavirus - 2 4
Human papillomavirus type 16 23907 31720 28678 12 2 20481 2 4 41218 11470 114 1 37 73516 12 16 27 2 7 46766 7 2 1 2 15250 19 5692 3 6 2 19 3 44129 19635 37262 32173 9 21968 3 16835 6689 2 2 2 27218 18867 14624 17684 4 1 49351 14590 10 2 3 6 33559 1 16 47528 2 6 2 5475 20865 15 4753 2 2 20 31821 5 31281 8 2 1 11 2 2 3979 15 2 4 13 2 2 88 23312 5 3 24702 37250 2 62293 2 23601 4 6 13 2 2
Human papillomavirus type 18 12 4 7 10 2 13 4 4 7 4 10 2 2 4 2 8 18 4 4 10 6 2 4 5 3
Human papillomavirus type 31 8 31 59 45 1 33 4 105 67 29 47 18 70 59 2 36 2 29 2 38 23 21 39 1 3 78 117 15 26 8 25 17 2 1 1 1 24 34 89 73 70 2
Human papillomavirus type 32 1
Human papillomavirus type 33 4 3 12 46 3 2 140271 3 7 5 2 3 1 4 9 9 90857 8 149653 12 2 18 2 8 3 27 2 2 6 22 10 4 1 45 2 15638 12 2 1 2 4 8 30126 3 5 2 1 3 8 28093 4 12
Human papillomavirus type 45 1 1
Human papillomavirus type 52 1 212 1 376 849 84 84 105
Human papillomavirus type 53 2395
Human papillomavirus type 56 12 33 16 7 3 27561 50 2 21 8 1 23 1 18 14 12 47 2 18 7 7 21 6 21 37 5 9 9 2 7 17 27 37 13
Human papillomavirus type 58 832 1 1204 3536 1 278 316 633
Human parvovirus B19 1
Macacine herpesvirus 1 382
Macacine herpesvirus 4 1 87 1 1 1 1 1 2 2 1 3
Maruca vitrata MNPV 1 1 1 1 1 1
Mason-Pfizer monkey virus 1
Moloney murine leukemia virus 2 2 2 2 1 1 2
Moloney murine sarcoma virus 2 1 1
Murine osteosarcoma virus 2 2 2 1 1 4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Murine type C retrovirus 4 3 1 1 2 2 2 2 2 1 2 1 2 3
Oryza sativa endornavirus 1 4 2 1
Panine herpesvirus 2 2 1 1 4
Papaya ringspot virus 2
Papiine herpesvirus 2 323 1
Peanut mottle virus 11
Pepper mild mottle virus 32 2
Pestivirus Giraffe-1 2 1 1 1 1 16 17
Plutella xylostella multiple nucleopolyhedrovirus 2 2 2 2 4 1 3 6 1 1 1 3 1 3 1 1 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 2 1 3 4 2 2 4 1 5 1 2 2 1 1 1 2 3 2 3 2 1 1 1 1 4 1 1 3 2
Polyomavirus HPyV6 5
Potato virus S 1
PreXMRV-1 provirus 3 3 2 1 1 2 2 1 3
RD114 retrovirus 2
Rachiplusia ou MNPV 1 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 2 2 1 1 2 1 1 3 1 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Rauscher murine leukemia virus 1 2 1 2 1 2
Rhesus monkey papillomavirus 2 7 1 5
Rous sarcoma virus 2
Shamonda virus segment S 3 16 9 4 1 1 1 3 2 1 1 1 1 1 3 11 2 1 1 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 7 1 1 1 5 1 1 2 1 1 1 2 1 1 5 1 1 1 2 12 2 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 6 1 1 1 1 1 1 2 2 1 1 1
Simbu virus segment L 1
Simian adenovirus 49 1 1
Spleen focus-forming virus 3 2 1 1 1
Spodoptera litura granulovirus 2
Squash mosaic virus RNA 2 1
Tobacco etch virus 2
Tobacco mosaic virus 1
Tomato mosaic virus 4
Woolly monkey sarcoma virus 1 11 1 2 2



Inquiries can be addressed to erik.larsson@gu.se