The Landscape of Viral Expression and Host Gene Fusion and Adaptation in Human Cancer
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Sequence libraries:914
Unique samples:914
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Unique normals:104
Unique patients:805
Reads per sample (mean):169 million
Total reads screened:154659 million
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Viral hits in ppm (parts-per-million) of total library reads

Tumor sample(hover for info)
Normal sample

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Human papillomavirus - 2 3

Non-normalized read counts

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Abelson murine leukemia virus 1 4 2 1 4 1 1 1 1 2 1 2 1 1 1
Acanthamoeba polyphaga mimivirus 6
Agrotis segetum nucleopolyhedrovirus 2
Alfalfa mosaic virus RNA 1 2 1
Alfalfa mosaic virus RNA 2 4
Alfalfa mosaic virus RNA 3 8 2 2
Aphid lethal paralysis virus 1 1 1 6 1 1 3
Apple stem grooving virus 1
Aquareovirus A segment 4 2 2 2 4 5
Assembled genome 2: Mosaic-like virus 1 1 7 1 6 4 2
Autographa californica nucleopolyhedrovirus 2 4 2 4 6 4 2 2 1 2 2 8 2 4 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 5 3 2 2 2 1 1 4 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 13 2 2 3 2 4 1 2 1 2 2 2 2
Avian endogenous retrovirus EAV-HP 2 1 2
Avian leukemia virus 2 2
Avian leukosis virus - RSA 2 2 2
Barley yellow dwarf virus-PAS 6
Bean yellow mosaic virus 1
Bell pepper mottle tobamovirus 1 5 2 1 1
Bombyx mandarina nucleopolyhedrovirus 2 1 2 2 2 2 2 4 2 2 2 1 1 2 1 2 2 1 2 1 4 1 2 1 2 1 1 2 1 2 1 2 1 1 2 1 3 2 1 2 2 1 1 2 1
Bombyx mori NPV 2 2 2 2 1 2 2 4 2 2 2 1 1 2 1 2 2 1 1 1 4 1 2 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 1 2 1 3 1 1 2 2 2 2 1
Bovine coronavirus 1
Bovine respiratory coronavirus AH187 1
Bovine respiratory coronavirus bovine/US/OH-440-TC/1996 1
Bovine viral diarrhea virus 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Brome mosaic virus RNA 1 4 4 7 4 2 2 1 4 2 6 2 1 12 2 4 2 4 2 2 2 6 2 2 1 1 4 1 1 4 2 7 2 2 4 2 2 2 1
Brome mosaic virus RNA 2 1 6 6 2 2 2 1 2 2 2 2 2 6 4 2 2 2 2 1 1 3 2 2 2 4 2 2 10 4 2 4 2 2 2 1 2 2 6 4 1 4 2 1 2 2
Brome mosaic virus RNA 3 2 8 3 2 2 2 2 2 2 2 2 6 2 2 2 3 2 6 2 7 3 2 4 2 3 2 3 2 1 1 4 4 10 4 2 2 2 2 1 4 2 2 2 2
Cauliflower mosaic virus 1
Chrysodeixis chalcites nucleopolyhedrovirus 1
Clover yellow mosaic virus 2
Cucumber green mottle mosaic virus 1 2 2 1 1 1
Cucumber mosaic virus RNA 3 6
Cucurbit yellow stunting disorder virus RNA2 5
Encephalomyocarditis virus 2 1
Equine coronavirus 1
Friend murine leukemia virus 1 1 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 4 1 1 1 1 2 1 2 2 2 1 1 3 1 2 1
Fujinami sarcoma virus 1
Garlic virus A 1 2
Garlic virus E 2
Garlic virus X 4
Helicoverpa armigera multiple nucleopolyhedrovirus 1
Heliothis virescens ascovirus 3e 2
Human T-lymphotropic virus 1 11
Human coronavirus 229E 6
Human coronavirus NL63 1
Human coronavirus OC43 1
Human enteric coronavirus strain 4408 1
Human herpesvirus 1 2
Human herpesvirus 4 6 8 2 2 1 2 2 1 5 2 1 4 2 4
Human herpesvirus 4 type 1 6 8 2 3 1 2 2 1 5 2 1 4 2 4
Human herpesvirus 5 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 4 2 4 3 4 2 2 4 30 2 1 2 1 2 8 4 2 4 4 2 4 4 2 4
Human herpesvirus 6A 5 2
Human herpesvirus 6B 26 2
Human herpesvirus 7 2 2 8
Human immunodeficiency virus 1 4 2 2 2 3 2 3 8 1 1
Human papillomavirus - 1 2 1
Human papillomavirus - 2 1 551
Human papillomavirus - 5 2
Human papillomavirus type 10 2
Human papillomavirus type 132 2
Human papillomavirus type 137 2
Human papillomavirus type 16 6
Human papillomavirus type 18 2 2 6 2 8 4 2 2 4 2 4
Human papillomavirus type 4 4 2 2
Human papillomavirus type 45 1 10
Human papillomavirus type 49 2 2 2
Human papillomavirus type 63 2
Human rhinovirus C 1
Kakugo virus 1
Mamestra configurata NPV-B 1
Maruca vitrata MNPV 1 2 1 1 1
Mason-Pfizer monkey virus 2
Merkel cell polyomavirus 2 4 2 4 2 2 2 2 2 4 2 2 3 2 2 2 2 2 2 2 1 4 2 2 1 2
Moloney murine leukemia virus 1 2 2 2 6 3 1 1 4 1 2 1 3 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 3 2 2 1 3 6 5 5 2 1 2 1 1 1 1 2 7 17 1 2 2 4 1 2 2 1 2 1 3 1 1 1 3 8 1 1 3 1 1 1 1 2 2 4 1 2 6 6 1 1 1 2 2 5 3 2 6 1 5 4 7 1 9 1 1
Moloney murine sarcoma virus 2 2 2 6 2 1 1 4 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 2 2 3 6 5 6 2 1 1 1 1 1 7 17 1 1 2 4 1 2 1 2 1 3 1 1 1 3 8 1 1 3 1 2 4 1 2 6 6 1 2 2 5 3 2 6 1 5 4 7 1 1
Mouse mammary tumor virus 3 2 4
Murine hepatitis virus strain A59 1
Murine hepatitis virus strain JHM 1
Murine osteosarcoma virus 1 1 1 1 1 1 1 1 3 3 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Murine polyomavirus 2 1 3
Murine type C retrovirus 1 1 2 4 1 2 1 2 2 1 2 5 2 2 1 1 1 1 1 2 2 2 1 1 1 1 1 1 4 4 1 1 2 1 3 2 1 2 1 3 1 2 1
Musca domestica salivary gland hypertrophy virus 4
Onion yellow dwarf virus 2
Orgyia pseudotsugata MNPV 1
Oryza sativa endornavirus 1 2 2 2 3 1
Papaya ringspot virus 5 1
Paramecium bursaria Chlorella virus AR158 2
Peanut mottle virus 2
Peanut stunt virus RNA 1 1 2
Peanut stunt virus RNA 3 1
Penicillium chrysogenum virus segment 2 1 1
Penicillium chrysogenum virus segment 4 1 1
Pepino mosaic virus 7 2
Pepper mild mottle virus 2 6 49 5 4 2 2 1 2 4 2 2 3 1 4 2 6 4 4
Pestivirus Giraffe-1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Plutella xylostella multiple nucleopolyhedrovirus 2 4 4 6 3 2 2 1 2 2 6 2 4 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 1 5 1 2 2 2 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 11 2 2 3 2 4 1 2 2 2 2
Polyomavirus HPyV7 2
Porcine endogenous retrovirus E 3 1 23 2
Potato leafroll virus 1
Potato virus S 2 1 1
PreXMRV-1 provirus 2 1 2 2 2 2 1 2 1 1
Prune dwarf virus 2
Pseudaletia unipuncta granulovirus 2
Rabbit coronavirus HKU14 1
Rachiplusia ou MNPV 1 2 2 2 1 2 1 1 1 4 1 4 1 2 1 2 1 1 2 2 1 2 1 4 3 1 2 1 1 1 2 1 2 2 2 1 1 2 5 2 1 2 1 4 1 2 2 2
Rat coronavirus Parker 1
Rauscher murine leukemia virus 1 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 2 3 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 1 1 4 1 1 1 1 2 1 2 2 1 2 1 1 3 1 2
Rehmannia mosaic virus 1 1 2
Rous sarcoma virus 2 2 2 1
Shamonda virus segment S 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 2 1 2 1 2 1 1 1 2 2 1 1 2 3 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 1 1 2 1 1 3 5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 18 2 1 3 1 1 4 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 3 1 1 2 1 3 1 1 1 1 5 2 1 1 1 1 5 2 1 2 1 1 1 2 1 1 2 1 1 30 2 1 1 1 1 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 1 2 2 1 1 1 1 1 4 2 1 1 1 1 1 1 2 1 3 1 1 2 1 1 1 1 2 3 1 1 4 1 1 2 5 3 1 1 1 1 1 1 1 2 1 1 1 1 2 1 1 1 1
Simian T-lymphotropic virus 1 7
Simian adenovirus 49 1
Simian enterovirus SV43 1
Simian virus 40 43 2 2 1 1 2 1 2 1 2 2 1 2 3 1 3 1
Simian-Human immunodeficiency virus 4 1 1
Southern tomato virus 2
Spleen focus-forming virus 1 1 1 1 2 1 1 1 1
Spodoptera frugiperda MNPV virus 2 4
Spodoptera frugiperda ascovirus 1a 5 1
Spodoptera litura granulovirus 8 2 2 2 4 2 2 4 4 2 4 2 2 2 2 2 2 2 2
Staphylococcus phage SA11 1
Sweet potato virus G 2
Tobacco etch virus 1 1
Tobacco mild green mosaic virus 2 2 6 4
Tobacco mosaic virus 1 3 1 2 1 1 2 5 2 1
Tobacco ringspot virus RNA 1 1
Tobacco ringspot virus RNA 2 2 1 1 2
Tobacco ringspot virus satellite RNA 2 2 4
Tobacco streak virus RNA 1 2 2 1 2 2 2 2 14
Tobacco streak virus RNA 2 1 1 2 2 10
Tobacco streak virus RNA 3 1 1 2
Tobacco vein clearing virus 1
Tomato mosaic virus 2 1 6 2 2 4 2 6 1 1 1 1 2 2 1 7 1 5 3 1 41 2 4 9 4 1 2 1 3 4 1 1 2 8
Tomato ringspot virus RNA 1 1
Tomato ringspot virus RNA 2 1 2
Tomato spotted wilt virus RNA L 1
Tomato yellow leaf curl Malaga virus 1
Tomato yellow leaf curl virus 1
Torque teno virus 16 2
Trichoplusia ni SNPV 1
Watermelon mosaic virus 1
Wheat streak mosaic virus 2
White clover mosaic virus 1 4 1
Woodchuck hepatitis virus 1
Woolly monkey sarcoma virus 1 1 1 1 1 1 1
Y73 sarcoma virus 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
Zucchini yellow mosaic virus 5



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